Откуда появился Омикрон? Ученых ждал большой сюрприз

По мере того как Omicron распространяется по всему миру, ученые продолжают «исследовать безумие». Все это для того, чтобы как можно скорее выяснить, является ли супервариант более заразным, и насколько он невосприимчив к вакцинам. Однако ученые решают другую загадку: откуда появился Омикрон? И тут их ждал большой сюрприз.

Исследования Omicron. Ученые увидели нечто удивительное

Хотя появление следующей мутации в коронавирусе SARS-CoV-2 не стало сюрпризом для ученых, может быть удивительно, насколько он отличается от вариантов, обнаруженных до сих пор. Дело не только в беспрецедентном количестве мутаций Omicron (а их около 50, тогда как в случае с Delta, например, их было меньше 20). Оказывается, многие изменения в этом миксе были замечены впервые (их не было в других вариантах коронавируса). Это означало бы, что Омикрон не развился из одного из более ранних вариантов, таких как Альфа или Дельта, а развивался параллельно незаметно.

«Это не связано ни с чем, что циркулировало в последнее время», – отмечает Тревор Бедфорд, американский вирусолог из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона в Сиэтле. «Интересно, насколько сильно он отличается от остальных», – говорит Майк Вороби, биолог-эволюционист из Университета Аризоны.

Все это поднимает вопрос о том, как был создан супервариант Omikron и что он может означать для нас и будущего пандемии COVID-19? В поисках ответов на эти вопросы ученые столкнулись с большим сюрпризом.

Один из ключевых инструментов, которые ученые используют для определения происхождения того или иного варианта коронавируса, – это изучение его генетического кода. Также как человек, который хочет знать свое происхождение. «Посмотрев на вирусный геном и увидев, похожа ли одна последовательность на ту, что циркулирует в других, вы можете узнать, откуда происходят эти изменения. В результате ученые могут шаг за шагом увидеть, как каждый конкретный штамм начинает улавливать дополнительные – часто легкие – мутации, в конечном итоге трансформируясь в другой вариант. Однако, когда ученые посмотрели на Омикрон, они увидели нечто удивительное.

– Ближайшие последовательности датируются серединой 2020 года, поэтому они были созданы более года назад. «Это очень редко», – говорит Тревор Бедфорд. Другими словами, хотя ученые могут сделать вывод, что этот вариант произошел от штамма, который циркулировал в середине 2020 года, в то же время не было никаких следов всех промежуточных версий, которые ученые могли найти, когда он трансформировался в свою нынешнюю форму. Как это объяснить? Где Омикрон скрывался больше года? Есть три гипотезы.

Где Омикрон скрывался больше года? Животные и теория “тайного распространения”

Первое предположение заключается в том, что штамм середины 2020 года заразил некоторую неизвестную популяцию животных (например, грызунов), поскольку патоген распространился в этой группе, он эволюционировал и недавно распространился на людей. Это могло объяснить, откуда пришли новые мутации. Но Тревор Бедфорд считает это маловероятным. Если бы это было так, можно было бы ожидать следы генетического материала животного в геноме, а вместо этого есть «вставка человеческой РНК».

Вторая гипотеза предполагает распространение штамма середины 2020 года в неконтролируемом регионе мира. «Возможно, где-нибудь в Южной Африке», – говорит Бедфорд. Это позволит вирусу незаметно развиваться. – Ведь в 2021 году он собрал достаточно мутаций, чтобы стать более заразным и начал стремительно распространяться по миру, – говорит ученый.

Христиан Дростен, вирусолог из университетской больницы Шарите в Берлине, поддерживает этот сценарий. «Я предполагаю, что это произошло не в Южной Африке, где проводится большое количество секвенирования, а в другом месте на юге африканского континента во время зимней волны», – говорит он.

Однако для Бедфорда эта гипотеза, которую ученые иногда называют «таинственным распространением», не вызывает особого доверия. Если бы штамм действительно сместился в сторону высокой передачи таким образом, его отдельные версии начали бы распространяться раньше. Это, в свою очередь, будет замечено в странах с надежными системами наблюдения, отмечает он. Эндрю Рамбо из Эдинбургского университета также говорит в том же ключе, пытаясь понять, как вирус мог так долго «скрываться» в группе людей. «Я не уверен, что в мире действительно есть место, достаточно изолированное, чтобы этот тип патогена мог путешествовать так долго, не обнаруживая сначала в разных местах».

Омикрон возник в теле одного человека. «Игра в кошки-мышки»
Однако есть место, где вирус мог скрываться, незаметно превратившись в омикрон. Это место – тело одного конкретного человека. Скорее всего, это был человек с ослабленной иммунной системой, например, в результате нелеченой ВИЧ-инфекции.

Как отмечает Тревор Бедфорд, в таких случаях иммунная система человека все еще достаточно сильна, чтобы не быть уничтожена патогеном, но слишком слаба, чтобы полностью удалить вирус. Таким образом, микроб мог оставаться в организме человека в течение многих месяцев, постоянно размножаясь. И с каждой репликацией есть шанс, что она создаст мутацию, которая будет более эффективно избегать иммунных клеток «хозяина». «Это своего рода игра в кошки-мышки, в которой патоген борется с иммунным ответом организма», – говорит Бедфорд.

Этот сценарий является наиболее вероятным объяснением появления Омикрона, говорит Ричард Лесселлс, специалист по инфекционным заболеваниям из Университета Квазулу-Наталь в Южной Африке, входящий в группу, которая идентифицировала супервариант в Южной Африке и оповестила мир. Ученый обращает внимание на важный вопрос – чтобы предотвратить один из возможных источников будущих вариантов, «мы должны закрыть пробелы в процессе лечения ВИЧ. Значит, мы должны диагностировать всех, мы должны направлять всех на лечение, а те, кто в настоящее время проходят неэффективную терапию, переходите на более эффективные схемы лечения “. Исследователи подчеркивают, что речь идет не о том, чтобы кого-либо обвинять или клеймить, а о том, чтобы показать, что помощь в такой ситуации является ключом к прекращению пандемии коронавируса.

С появлением Omicron все больше и больше говорят об огромном разрыве в показателях вакцинации против COVID-19 в более богатых и бедных странах. Низкий уровень вакцинации в Южной Африке и Ботсване «создал благоприятную среду» для эволюции варианта Омикрон. Однако некоторые ученые утверждают, что существует мало доказательств, подтверждающих это утверждение.

– Если бы мы вакцинировали больше людей в Африке, разве у нас не было бы того, что у нас есть? «Я бы хотел, чтобы это было правдой, но у нас нет возможности узнать», – говорит Арис Кацуракис, биолог-эволюционист из Оксфордского университета. Таким образом, на данный момент уроки, которые можно извлечь из появления Омикрона, остаются такими же неизвестными, как и его происхождение.